جداسازی آنالوگ‌های ژن‌های مقاومت به بیماری‌ها (RGAs) درارقام زراعی و خویشاوندان وحشی جو
پذیرفته شده برای پوستر
عنوان دوره: سیزدهمین کنگره زراعت و اصلاح نباتات ایران
نویسندگان
گروه به‌نژادی و بیوتکنولوژی گیاهی دانشکده کشاورزی دانشگاه تبریز
چکیده
به منظور جداسازی و توالی‌یابی آنالوگ‌های ژن‌های مقاومت به بیماری در جو، از 3 ترکیب آغازگرهای دژنره دارای ناحیه تکثیری NBS در شش رقم زراعی دایتون‌رانی، ماکویی، آبیدر، قره‌آرپا، سهند1 و URB81-3 و سه گونه وحشی Hordeum marinum، H. spontaneum و H. bulbosum استفاده شد. قطعات تکثیری از ژل جداسازی و پس از تکثیر، توالی‌یابی شدند. توالی قطعات متناظر همردیف شده و تنوع نوکلئوتیدی و شباهت بین توالی‌ها محاسبه و گروه‌بندی بین توالی قطعات انجام شد. در تعدادی از قطعات تکثیری ارقام زراعی شباهت نسبتاً بالایی با گونه‌های وحشی نشان دادند. تعدادی از توالی‌ها دارای چارچوب قرائت آزاد بودند. همردیفی توالی قطعات تکثیری با توالی‌های موجود در داده پایگاه NCBI نشان دهنده شباهت بالای توالی برخی از قطعات با ژن‌های مقاومت شناخته شده و RGAها بود. برخی از قطعات تکثیری با ژن Lr34 گندم، ژن Rpg1-b سویا، ژن Yr36 گندم وحشی emmer و ژن Rpg1 جو شباهت نشان دادند.
کلیدواژه ها
Title
Isolation of resistance gene analogous (RGAs) in barley cultivars and its wild relatives
Authors
Abstract
To isolate and sequence RGAs in barley, combinations of three degenerate primer were used to amplify RGAs in six cultivars; Daytonrani, Makoei, Abidar, Gareharpa, Sahand14 and URB81-3, and Three wild species; Hordeum marinum, H. spontaneum and H.bulbosum. Amplified fragments isolated from gel and after re-amplification were sequenced. Sequence alignment was done and nucleotide diversity and similarity between sequences were estimated and regimentation between sequences were done. Cultivars and wild species showed high sequence identity in some of the amplified fragments. Open reading frame was found in the some sequences. Sequences alignment in NCBI database revealed high similarity between amplified sequence and known resistance genes and RGAs. Some amplified fragments showed similarity with Lr34 gene from wheat, Rpg1-b gene from soybean, Yr36 gene from emmer wild wheat and Rpg1 from barley.