روش STE به عنوان روشی مناسب در تهیه DNA ژنومی از گیاه آزولا (Azolla Filiculoides) جهت مطالعات ژنتیکی
پذیرفته شده برای پوستر
عنوان دوره: سیزدهمین کنگره زراعت و اصلاح نباتات ایران
نویسندگان
1دانشجوی کارشناسی ارشد بیوتکنولوژی، پژوهشکده ژنتیک و زیست فناوری کشاورزی طبرستان، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری
2استاد ژنتیک، پژوهشکده ژنتیک و زیست فناوری کشاورزی طبرستان، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری
3دانشجوی دکتری مهندسی ژنتیک، پژوهشکده ژنتیک و زیست فناوری کشاورزی طبرستان، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری
چکیده
در این تحقیق جهت دستیابی به مواد ژنتیکی با کیفیت مطلوب برای مطالعات ژنتیکی در گیاه آزولا، از سه روش استخراج DNA ژنومی (دلاپورتا و همکاران، CTAB و STE) در قالب طرح بلوکهای کامل تصادفی و در سه تکرار مختلف استفاده گردید. کیفیت‌سنجی ماده ژنومی استخراج گردیده با استفاده از روش الکتروفورز با ژل آگارز، اسپکتروفتومتری و روش واکنش زنجیره‌ای پلیمرار (PCR) انجام پذیرفت. نتایج حاصله از آزمون مقایسات میانگین بر پایه روش دانکن در سطح احتمال 05/0 با نرم‌افزار آماری R معنی‌دار بودن روش استخراج STE را تایید نمود. DNA استخراج شده از روشهای مورد مقایسه با استفاده از پرایمرهای نیمه تصادفی ISSR و همچنین نتایج توالی‌یابی حاصل از تکثیر ناحیه ژنی ITS تایید کننده کیفیت و غلظت مناسب DNA استخراج شده با روش مورد مطالعه STE نسبت به سایر روشها بود. غلظت DNA ژنومی حاصله از مقدار و حجم مشخص از بافت مورد استفاده به ترتیب برای روش دلاپورتا و همکاران، STE و CTAB دارای بالاترین میزان بود. بدین ترتیب با توجه به نتایج حاصله در این پروژه روش STE بهینه شده به عنوان روش مناسب جهت دستیابی به DNA ژنومی با کیفیت و کمیت مطلوب برای انجام مطالعات ژنتیکی در گیاه آزولا معرفی می‌گردد.
کلیدواژه ها
Title
STE method as a suitable method for genomic DNA preparation from Azolla plant (Azolla Filiculoides) for genetic studies
Authors
Abstract
In order to obtain the genomic materials from azolla with high quality and appropriate to genomics investigations, three DNA extraction methods (CTAB, STE and Dellaporta et al.,) in RCBD design with three replications were conducted. the assessment of genomic DNA were performed by PCR, spectrophotometery and agarose gel electrophoresis. analysis of mean comparison with Duncan test at 0.05 value by R software, indicated significantly different of STE method. DNA amplification with ISSR semi random primers and sequencing of ITS gene region, confirmed the quality and quantity of genomic DNA were extracted via STE in comparison to the other methods. the genomic DNA concentrations ranked in high to low level of Dellaporta et, al., STE and CTAB respectively. finaly with regard to results, the optimized STE can be introduced as a suitable method to get a high quantity and quality of genomic DNA for genetic studies in azolla.