مقایسه روشهای محاسباتی برای تجزیه و تحلیل دادههای ترنسکریپتومیکس و متابولومیکس گیاهی

پذیرفته شده برای پوستر اصل مقاله (306.45 K)

عنوان دوره: پانزدهمین کنگره زراعت و اصلاح نباتات ایران

¹عباسعلی امام جمعه؛ ²ایوب مزارعی؛ ²شهلا رنجبر

¹آزمایشگاه بیوتکنولوژی محاسباتی و بیوانفورماتیک، گروه اصلاح نباتات و بیوتکنولوژی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زابل، زابل، ایران

²دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی کشاورزی، دانشگاه زابل، دانشکده کشاورزی، گروه بیوتکنولوژی، زابل، ایران

مطالعه ترانسکریپتوم 1و متابولوم که محتوی
منعکس میسازد و می تواند ترکیبات بسیار پیچیده ای داشته باشد. به طور کلی، جهت شناسایی این نوع تغییرات و
جایگاههای مربوط به آن، از رو شهای آزمای شگاهی و همچنین اطلاعات حا صل از ا سپکترومتری جرمی ا ستفاده می شود. از
یک رویکرد مهم برای شناسایی و تعیین کمیت متابولیت های حاصل از نمونه های بیولوژیکی پیچیده می (MS) طرفی طیف سنج جرمی
باشد و از آنجایی که روشهای آزمایشگاهی گران، زمانبر و همچنین نیازمند نیروی ماهر میباشند، بنابراین روشهای محاسباتی
به منظور مطالعه، تجزیه و تحلیل، ترنسکریپتوم و متابولومیکس به عنوان جایگزینی برای روشهای آزمایشگاهی مطرح
شدهاند. در این پژوهش تعدادی از الگوریتمها و نرمافزارهای مهم حوزه ترنسکریپتوم و متابولومیکس مورد مقایسه قرار
بالاترین مقدار حساسیت و دقت را در مقایسه با الگوریتم centWave و de bruijn graph گرفتند. نتایج نشان داد، الگوریتم
با توانایی مونتاژ و پردازش انواع داده های حوزه ترنسکریپتوم و XCMS و Trinity های معرفی شده دارند. همچنین نرم افزار
نرم افزارهایی با توان بالا و پرکاربرد بین کاربران می باشد. ،MS داده های مبتنی بر

پیشگویی محاسباتی؛ ترنسکریپتوم؛ متابولومیکس گیاهی؛ مونتاژ و پردازش؛ یادگیری ماشین