مقایسه پایگاههای داده و ابزارهای محاسباتی برای تجزیه و تحلیل دادههای ژنومیکس و ﺗﺮاﻧﺴﻜﺮﻳﭙﺘﻮﻣﻴﻜﺲ در ﺑﺮﺧﻲ از ﮔﻴﺎﻫﺎن ﺧﺎﻧﻮاده ﺣﺒﻮﺑﺎت

پذیرفته شده برای پوستر اصل مقاله (289.11 K)

عنوان دوره: پانزدهمین کنگره زراعت و اصلاح نباتات ایران

¹عباسعلی امام جمعه؛ ²مجتبی قاسمی؛ ²ایوب مزارعی

¹استادیار، آزمایشگاه بیوتکنولوژی محاسباتی و بیوانفورماتیک، گروه اصلاح نباتات و بیوتکنولوژی، دانشکده کشاورزی،دانشگاه زابل، زابل، ایران

²دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی کشاورزی، گروه بیوتکنولوژی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زابل، زابل، ایران

ﭘﺎﻳﮕﺎهﻫﺎی داده ﺣﺒﻮﺑﺎت اﻣﺮوزه ﻣﻴﺰﺑﺎن دادهﻫﺎی ﻣﻘﻴـﺎس ﺑـﺰرگ ژﻧـﻮﻣﻴﻜﺲ و ﺗﺮاﻧﺴـﻜﺮﻳﭙﺘﻮﻣﻴﻜﺲ ﻫﺴـﺘﻨﺪ. اﻳـﻦ ﭘﺎﻳﮕـﺎه دادهﻫـﺎ اﺑﺰارﻫﺎی ﻣﺤﺎﺳﺒﺎﺗﻲ و ﺑﻴﻮاﻧﻔﻮرﻣﺎﺗﻴﻜﻲ ﻳﻜﭙﺎرﭼﻪ ﺑﺮای ﻣﻄﺎﻟﻌﻪ ﻛﺎرﻛﺮد ژن، ﺧﺎﻧﻮاده ژﻧﻲ و ﻋﻮاﻣﻞ روﻧﻮﻳﺴـﻲ در ﺣﺒﻮﺑـﺎت و ﺳـﺎﻳﺮ ﻟﮕﻮمﻫﺎ ﻓﺮاﻫﻢ ﻣﻲآورﻧﺪ. اﻳﻦ ﭘﮋوﻫﺶ ﺑﻪ ﻣﻨﻈﻮر ﺑﺮرﺳﻲ و ﻣﻘﺎﻳﺴﻪ ﺗﻌﺪادی از ﻣﻬﻢﺗﺮﻳﻦ و ﺟﺎﻣﻊﺗﺮﻳﻦ ﭘﺎﻳﮕﺎهﻫـﺎی داده ﺑﻴﻮﻟـﻮژﻳﻜﻲ ﻣﺮﺑﻮط ﺑﻪ ﺗﺠﺰﻳﻪ و ﺗﺤﻠﻴﻞ دادهﻫﺎی ژﻧﻮﻣﻴﻜﺲ و ﺗﺮﻧﺴﻜﺮﻳﭙﺘﻮﻣﻴﻜﺲ در ﺑﺮﺧﻲ از ﮔﻮﻧﻪﻫﺎی ﺧﺎﻧﻮاده ﺣﺒﻮﺑﺎت اﻧﺠـﺎم ﺷـﺪ. در اﻳـﻦ ﺗﺤﻘﻴﻖ ﺗﻌﺪادی از ﭘﺎﻳﮕﺎه دادهﻫﺎی ﻣﻬﻢ ﺣﻮزه ژﻧﻮﻣﻴﻜﺲ و ﺗﺮﻧﺴﻜﺮﻳﭙﺘﻮﻣﻴﻜﺲ ﻣﻮرد ﻣﻘﺎﻳﺴﻪ ﻗﺮار ﮔﺮﻓﺘﻨﺪ. ﻧﺘـﺎﻳﺞ ﻧﺸـﺎن داد، ﭘﺎﻳﮕـﺎه داده LegumeTFDB ﺑﺎ 59 ارﺟﺎع ﺑﻴﺶﺗﺮﻳﻦ ﺗﻌﺪاد ارﺟﺎﻋﺎت و ﭘﺎﻳﮕﺎه دادهﻫﺎی LegumeIP و PvTFDBﺑﻪﻃﻮر ﻣﺸﺘﺮک ﺑﺎ 3 ارﺟﺎع ﻛﻢﺗﺮﻳﻦ ﺗﻌﺪاد ارﺟﺎﻋﺎت را در ﻣﻄﺎﻟﻌﺎت ﮔﺬﺷﺘﻪﻧﮕﺮ داﺷﺘﻨﺪ. اﮔﺮﭼﻪ ﭘﺎﻳﮕﺎه داده LegumeIP ﻛﻢﺗﺮﻳﻦ ﺗﻌﺪاد ارﺟﺎﻋﺎت را داﺷﺖ وﻟﻲ در ﻋﻴﻦ ﺣﺎل ﺑﻪ ﻋﻨﻮان ﺟﺎﻣﻊﺗﺮﻳﻦ ﭘﺎﻳﮕﺎه داده ﻳﻜﭙﺎرﭼﻪ ﺑﺮای دادهﻫﺎی ﻣﻘﻴﺎس ﺑﺰرگ ﺑﻴـﺎن ژن ﻣﺒﺘﻨـﻲ ﺑـﺮ روشﻫـﺎی Microarray و RNA-Seq در ﺧﺎﻧﻮاده ﺣﺒﻮﺑﺎت ﻣﻌﺮﻓﻲ ﻣﻲﮔﺮدد

اﺑﺰارﻫﺎی ﻣﺤﺎﺳﺒﺎﺗﻲ؛ ﭘﺎﻳﮕﺎه داده؛ ﺗﺮاﻧﺴﻜﺮﻳﭙﺘﻮﻣﻴﻜﺲ؛ ﺣﺒﻮﺑﺎت؛ RNA-seq