آنالیز کل ترانسکریپتوم (RNA-Seq)به منظور درک ژنتیکی اصلاح گندم

پذیرفته شده برای پوستر اصل مقاله (311.19 K)

عنوان دوره: پانزدهمین کنگره زراعت و اصلاح نباتات ایران

¹محمد مهدی مجیدی؛ ²الی راهاشان؛ ³رز گوسین؛ ³نبا هیوگز؛ ⁴لویس لوکنز

¹استاد اصلاح نباتات دانشکده کشاورزی دانشگاه صنعتی اصفهان

²دانشجوی پسا دکتری بیولوژی کامپیوتری دانشگاه گولف کانادا

³دانشجویان کارشناسی ارشد بیوانفورماتیک و بیوتکنولوژی گیاهی دانشگاه گولف کانادا

⁴استاد ژنتیک و بیوانفورماتیک دانشگاه گولف کانادا

ﺗﺠﺰﻳﻪ و ﺗﺤﻠﻴﻞ ﻛﻞ ﺗﻮاﻟﻲ ﺗﺮاﻧﺴﻜﺮﻳﭙﺘﻮم، اﻓﻖﻫﺎی ﺟﺪﻳﺪ ﺑﺮای ﺑﻪﻧﮋادﮔﺮان در ﻃﻴﻒ وﺳﻴﻌﻲ از ﻣﻄﺎﻟﻌﺎت ژﻧﺘﻴﻜﻲ و ﺑﻪﻧﮋادی ﮔﻴﺎﻫﺎن ﮔﺸﻮده اﺳﺖ. ﺑﺴﻴﺎری از ﺻﻔﺎت ﻧﻈﻴﺮ ﻣﻌﻤﺎری ﺑﻮﺗﻪ و ﻋﻤﻠﻜﺮد ﮔﻨﺪم ﻃﻲ ﻗﺮنﻫﺎ در اﺛﺮ ﺑﻪﻧﮋادی ﺑﻬﺒﻮد ﻳﺎﻓﺘﻪاﻧﺪ ﻟﻴﻜﻦ دﻗﻴﻘﺎ ﻣﺸﺨﺺ ﻧﻴﺴﺖ اﺳﺎس ژﻧﺘﻴﻜﻲ ﺗﻐﻴﻴﺮات رخ داده در ژﻧﻮم ﭼﻴﺴﺖ. در اﻳﻦ ﻣﻄﺎﻟﻌﻪ از روش ﺟﺪﻳﺪ RNA-Seq ﺑﺮای دﺳﺘﻴﺎﺑﻲ ﺑﻪ اﻳﻦ ﻫﺪف اﺳﺘﻔﺎده ﺷﺪ. اﺑﺘﺪا ﺑﻴﺎن ژنﻫﺎی ﺣﺎﺷﻴﻪﻧﻮﻳﺴﻲ ﺷﺪه در ﮔﻨﺪم ﺑﻴﻦ اوﻟﻴﻦ رﻗﻢ ﮔﻨﺪم ﻛﺎﻧﺎدا )RedFife( و ﻳﻚ رﻗﻢ ﮔﻨﺪم ﻣﺪرن )Stettler(
ﻣﻄﺎﻟﻌﻪ و SNP ﻫﺎ ﻛﺸﻒ ﺷﺪﻧﺪ. ﺑﻴﺶ از 22000 ﻋﺪد SNP ﻛﺸﻒ ﺷﺪ ﻛﻪ اﻛﺜﺮﺷﺎن در ﻣﻜﺎنﻫﺎی ﻫﻤﻮﻟﻮگ ﺑﻮدﻧﺪ. ﺳﭙﺲ 154 ﻻﻳﻦ ﺣﺎﺻﻞ از ﺗﻼﻗﻲ دو رﻗﻢ ﻣﺬﻛﻮر ژﻧﻮﺗﺎﻳﭙﻴﻨﮓ ﺷﺪﻧﺪ و ﺑﺎ اﺳﺘﻔﺎده از SNP ﻫﺎی ﻣﻄﻤﺌﻦ، ﻣﻜﺎنﻫﺎی ژﻧﺘﻴﻜﻲ ﻛﻨﺘﺮل ﻛﻨﻨﺪه ﺻﻔﺎت ﻣﻬﻢ )ﻧﻈﻴﺮ ﻓﺘﻮﺳﻨﺘﺰ، ﻋﻤﻠﻜﺮد، ﭘﺮوﺗﺌﻴﻦ، ﺗﻨﻔﺲ( در ژﻧﻮم ﭘﻴﭽﻴﺪه ﮔﻨﺪم ﻧﻘﺸﻪﻳﺎﺑﻲ ﺷﺪﻧﺪ. ﺗﻌﺪاد زﻳﺎدی ﻣﻜﺎن ﭘﻠﻲﺗﺮوﭘﻴﻚ و ﻧﻴﺰ ﻣﻜﺎنﻫﺎی ﻛﻮﭼﻚاﺛﺮ ﺷﻨﺎﺳﺎﻳﻲ ﺷﺪﻧﺪ. ژن ﭘﺎﻛﻮﺗﺎﻫﻲ )RhtB1( ﺑﺮ روی ﺑﺴﻴﺎری از ﺻﻔﺎت دﻳﮕﺮ ﺗﺎﺛﻴﺮﮔﺬار ﺑﻮد. ﺑﺴﻴﺎری از آﻟﻞﻫﺎی ﻣﻔﻴﺪ )ﻧﻈﻴﺮ ﻣﺤﺘﻮی ﭘﺮوﺗﺌﻴﻦ، ﺳﻄﺢ ﺑﺮگ، ﻃﻮل ﺧﻮﺷﻪ( از واﻟﺪ ﻣﺪرن ﺑﻪ ارث رﺳﻴﺪه ﺑﻮدﻧﺪ. اداﻣﻪ ﺑﺮرﺳﻲﻫﺎ ﺑﺮای ﻣﻄﺎﻟﻌﻪ ﭼﮕﻮﻧﮕﻲ ﺗﺎﺛﻴﺮﭘﺬﻳﺮی ﻣﻜﺎنﻫﺎی ژﻧﻲ ﺗﻨﻈﻴﻢ ﻛﻨﻨﺪه ﺑﻴﺎن ژنﻫﺎ )e-QTLs( از ﭘﺮوﺳﻪﻫﺎی ﺗﻜﺎﻣﻞ و اﺻﻼح ﮔﻨﺪم اداﻣﻪ دارد

ﺑﻴﺎن ژن؛ ﮔﺰﻳﻨﺶ ﻣﺜﺒﺖ؛ SNP