ارزیابی عملکرد نرمافزارهای سرهمبندی ترنسکریپتوم در گیاه مامیران کبیر
پذیرفته شده برای پوستر
عنوان دوره: پانزدهمین کنگره زراعت و اصلاح نباتات ایران
نویسندگان
دانش آموخته دکتری، دانشجوی دکتری، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج
چکیده
ﻣﺎﻣﻴﺮان ﻛﺒﻴﺮ (.Chelidonium majus L) ﮔﻴﺎﻫﻲ ﭼﻨﺪﺳﺎﻟﻪ از ﺧﺎﻧﻮاده ﺧﺸﺨﺎش ﻣﻲﺑﺎﺷﺪ. اﻳﻦ ﮔﻴﺎه ﺑﻪ ﻋﻠﺖ دارا ﺑﻮدن ﻣﻨﺒﻊ ﻏﻨﻲ از آﻟﻜﺎﻟﻮﺋﻴﺪﻫﺎی اﻳﺰوﻛﻮﻳﻴﻨﻮﻟﻴﻦ، ﻛﻠﻴﺪوﻧﻴﻦ و ﺑﺮﺑﺮﻳﻦ ﺷﻨﺎﺧﺘﻪ ﺷﺪه اﺳﺖ. ﻋﻠﻴﺮﻏﻢ وﻳﮋﮔﻲﻫﺎ و ارزش اﻗﺘﺼﺎدی اﻳﻦ ﮔﻴﺎه داروﻳﻲ،اﻃﻼﻋﺎت ژﻧﻮﻣﻲ و ﺗﺮﻧﺴﻜﺮﻳﭙﺘﻮﻣﻲ اﻧﺪﻛﻲ در ﻣﻮرد اﻳﻦ ﮔﻴﺎه وﺟﻮد دارد. ﺑﺎ ﭘﻴﺸﺮﻓﺖﻫﺎی ﺳﺮﻳﻊ ﺑﻮﺟﻮد آﻣﺪه در ﺗﻮاﻟﻲﻳﺎﺑﻲ ﻧﺴﻞ ﺑﻌﺪ، ﺗﻮاﻟﻲﻳﺎﺑﻲRNA اﺑﺰار ﻗﺪرﺗﻤﻨﺪﺗﺮ و ارزانﺗﺮی در ﻣﻄﺎﻟﻌﺎت ﺗﺮﻧﺴﻜﺮﻳﭙﺘﻮم ﺷﺪه اﺳﺖ. ﺳﺮﻫﻢﺑﻨﺪی ﺗﺮﻧﺴﻜﺮﻳﭙﺘﻮمﻫﺎ از ﺗﻌﺪاد ﺑﻲﺷﻤﺎر ﺧﻮاﻧﺶﻫﺎی ﻛﻮﺗﺎه ﻣﻨﺒﻌﻲ ﻏﻨﻲ ﺑﺮای ﻣﻄﺎﻟﻌﻪ ﮔﻮﻧﻪﻫﺎﻳﻲ ﻛﻪ ژﻧﻮم ﻣﺮﺟﻊ آنﻫﺎ در دﺳﺘﺮس ﻧﻴﺴﺖ ﻓﺮاﻫﻢ ﻣﻲﻛﻨﺪ. ﺗﻮاﻟﻲﻳﺎﺑﻲ دﻗﻴﻖ و ﺳﺮﻫﻢﺑﻨﺪی ﻗﺎﺑﻞ اﻋﺘﻤﺎد در دادهﻫﺎی ﺗﺮﻧﺴﻜﺮﻳﭙﺘﻮم، ﺑﺮای آﻧﺎﻟﻴﺰﻫﺎی ﭘﺎﻳﻴﻦدﺳﺖ ﺿﺮوری ﻣﻲﺑﺎﺷﺪ. در اﻳﻦ ﻣﻄﺎﻟﻌﻪ ﻛﺎراﻳﻲ ﻧﺮماﻓﺰارﻫﺎی ﻣﺨﺘﻠﻒ ﺳﺮﻫﻢﺑﻨﺪی ﺑﺎ ﺗﻮﺟﻪ ﺑﻪ ﻓﺎﻛﺘﻮرﻫﺎی اﺻﻠﻲ، ﻣﻮرد ﻣﻘﺎﻳﺴﻪ ﻗﺮار ﮔﺮﻓﺘﻨﺪ. ﻧﺘﺎﻳﺞ ﻧﺸﺎن داد ﻛﻪ BinPackerﺑﻪﻋﻨﻮان ﻧﺮماﻓﺰار ﻣﻨﺎﺳﺐ ﺟﻬﺖ ﺳﺮﻫﻢﺑﻨﺪی ﻗﺮاﺋﺖﻫﺎی ﺗﺮﻧﺴﻜﺮﻳﭙﺘﻮم ﻣﺎﻣﻴﺮان ﻛﺒﻴﺮ ﻣﻲﺑﺎﺷﺪ. ﻧﺘﺎﻳﺞ ﺣﺎﺻﻞ از اﻳﻦ ﺗﺤﻘﻴﻖ ﻣﻲﺗﻮاﻧﺪ در ﺟﻬﺖ اﻧﺘﺨﺎب ﺑﻬﺘﺮ ﻧﺮماﻓﺰار ﺳﺮﻫﻢﺑﻨﺪی راﻫﻜﺎرﻫﺎﻳﻲ را اراﺋﻪ ﻧﻤﺎﻳﺪ.
کلیدواژه ها